De Ecologische Autoriteit is onafhankelijk en bepaalt zelf haar werkwijze en de deskundigen waarmee gewerkt wordt. Bestuurlijke visies en keuzes hebben geen invloed op het advies van de Ecologische Autoriteit. De Ecologische Autoriteit doet geen onderzoek en neemt zelf geen besluiten, dat is aan de politiek.
De Ecologische Autoriteit gaat onafhankelijk te werk. Zij treedt zelfstandig naar buiten en kent een eigen secretariaat en voorzitterschap. Na het instellingsbesluit is de Ecologische Autoriteit op 19 september 2022 van start gegaan. Er is geen inhoudelijke bemoeienis van de minister Minister van Landbouw, Visserij, Voedselzekerheid en Natuur of andere ministers of staatssecretarissen met de adviezen van de Ecologische Autoriteit.
Om deze onafhankelijkheid goed te waarborgen is de uitvoering van de Ecologische Autoriteit neergelegd bij de Stichting Bureau Commissie mer, die ruim ervaring heeft met onafhankelijk adviseren en ook geen inhoudelijke bemoeienis kent van ministers of kabinet.
